本次在美術館營運委員熊澤弘教授帶領之下,進入本館地下 20 公尺一般人無從窺見的典藏庫,東藝大典藏品數量龐大、形式眾多。保全系統設有電子ID 認證與輪盤鎖兩道關卡,由監視器監視收藏庫唯一的出入口,且要求兩位以上相關人員相互監督。面對天災意外也事先規劃對策,除了畫庫內的層架均設有安全帶以及部分皮革製防撞護欄外,位置設置於地底也是為了穩固畫庫結構,在消防設施上採氮氣滅火設備,將傷害降到最低。在平面作品區,收藏方式以密集式金屬層架,按照作品展示屬性收納;屏風作品以無酸防塵布套罩妥,按大小豎立排列,再以束帶固定;卷軸作品以特製桐木盒擺放整齊。典藏庫內部分作品允許作為資料提供東京藝大教授們上課及研究使用。值得一提的是,典藏庫房的外門以漆板裝飾,內門設置和式木拉門,從中可見大學美術館不但考量了木材溫濕調節之功能,而且也展現了日本特有的審美意識,以及對文化資產慎重持嚴的態度。